تسير المياه الجوفية داخل الفَرَاغَات التي توجد بين الرِّمال والْحَصَى، وتشقُّقات الصخور، وقد تتجمع داخل طبقة صخرية ترقد فوق طبقة من الصَّلْصَال، أو من الصخور الأقل نَفَاذًا للمياه. أما في الطبقات الجيرية، فتتجمع المياه الجوفيّة داخل قنوات وكهوف كبيرة.
* تتم إعادة اختزان المياه الجوفية عن طريق مياه الأمطار، وذَوَبان الجليد، وترْشيح المياه السطحية إلى أسفل داخل التربة. وتعْتمد معدلات إعادة الاختزان على طبيعة المنطقة وظروف الطقس بها، ونِسْبة الغطاء النباتي على سطح الأرض بها.
* تصْعد المياه الجوفية إلى سطح الأرض بعدة طرق، فقد ترتفع طبيعيًّا إلى السطح على هيئة ينبوع، أو قد تصب داخل البحيرات، والأنهار، والمحيطات، أو قد يقوم الإنسان بحفر بئر يصل حيث المياه الجوفيّة.
* وتُعْتبر حركة تلك المياه إلى أسفل من أجل إعادة الامتلاء، ثم إلى أعلى من أجل الخروج، عملية ترشيح طبيعية لها، وهو ما يجعل المياه الجوفية من آمَن مصادر المياه للاستخدام الآدمي على وجه الأرض، بل ومن أفضل المصادر لإنتاج المحاصيل الزراعية الجيدة.
* وقد يتأثر مخزون المياه الجوفية إذا كان معدل استخراج المياه الجوفية أكبر من معدل إعادة امتلائها، كما قد تتأثر بالملوِّثات المختلفة عن طريق تسرُّبها إلى داخل التربة، وبالتالي إلى المياه الجوفية. وقد تكون تلك الملوِّثات هي المبيدات، أو الأسمدة الزراعية، أو من مَقَالِب القمامة، أو من تسرُّبات مخازن الغاز أو المجاري.
* نظرًا لزحْف سكان الريف إلى المدن، وبالتالي زيادة مساحة المدن دون تخطيط، نتَج عن ذلك تلوث الكثير من المياه الجوفية؛ بسبب عدم إقامة أنْظِمَة مجاري بهذه المدن، بالإضافة إلى التلوُّث الذي ينْتج عن مخلّفات الصّناعة.